Vyvrcholením mnohostranné vzdělávací činnosti a výrazným specifikem studia na AG je bohatý systém přibližně 45 volitelných předmětů (tzv. seminářů) určených studentům kvint až oktáv: studenti v kvintě a sextě si musí vybrat aspoň 1 volitelný předmět, v septimě aspoň 3, v oktávě aspoň 5.

Tato široká nabídka umožňuje jednak výrazně profilovat přípravu na vysokoškolské studium, jednak zaměřit se na kombinaci předmětů, kterou tradiční dělení na obory humanitní a přírodovědné takřka vylučuje.

Během seminářových hodin se navíc ruší běžné třídy a studenti se mohou sdružovat na základě podobných zájmů.

Z vážných důvodů může žák požádat ředitele školy o změnu semináře v pololetí školního roku, tato žádost musí být podána před uzávěrkou klasifikace za 1. pololetí.